Tout commence avec le reveil de Link, 100 ans après La Grande Guerre contre le Fléau Ganon, que Link est les autres Prodiges ont perdu. Il est donc guidé par la voix de Zelda pour sauver le royaume Hyrule afin de reveiller les Créatures Divines.

Guidé par la voix de Zelda, Link retouve la Créature Divine de Mipha. Il va surmonter une série d'épreuves et d'énigmes en lien avec l'élément de l'eau à l'intérieur de la créature pour pouvoir mettre à nouveau son mecaniqme en marche. On en apprendra plus sur la relation qu'entretenaient LInk et Mipha.

Guidé par la voix de Zelda, Link retouve la Créature Divine de Urbosa. Il va surmonter une série d'épreuves et d'énigmes en lien avec l'élément de l'électricité à l'intérieur de la créature pour pouvoir mettre à nouveau son mecaniqme en marche.

Guidé par la voix de Zelda, Link retouve la Créature Divine de Daruk. Il va surmonter une série d'épreuves et d'énigmes en lien avec l'élément du feu à l'intérieur de la créature pour pouvoir mettre à nouveau son mecaniqme en marche.

Guidé par la voix de Zelda, Link retouve la Créature Divine de Révali. Il va surmonter une série d'épreuves en lien avec l'élément de l'air à l'intérieur de la créature pour pouvoir mettre à nouveau son mecaniqme en marche.

Une fois toutes les Créatures Divines réveillées, Link est enfin prêt à vaincre le Fléau. Il va devoir surmonter une série d'épreuves dans le chateau pour pouvoir en finir.